بررسی مولکولی بخشی از ژن پروتئین پوششی ویروس موزاییک خطی گندم در استان‌های خراسان شمالی و گلستان
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
ویروس موزاییک خطی گندم (WSMV) Wheat streak mosaic virus از اعضای جنس Tritimovirus و خانواده Potyviridae می‌باشد. ژنوم ویروس از نوع ار ان ای مثبت و تک رشته‌ای بوده و پیکره‌های آن رشته‌ای خمش پذیر می‌باشد. این ویروس از مهم‌ترین ویروس‌های آلوده کننده غلات است که توسط کنه‌های اریوفیده (Aceria tosichella) منتقل می‌گردد. به منظور شناسایی و بررسی پراکنش این ویروس تعداد 86 نمونه گندم و جو از مزارع استان‌های خراسان شمالی و گلستان طی اسفند و فروردین ماه 94-1393جمع آوری شد. این نمونه‌ها دارای علائم زردی، موزاییک خطی، کوتولگی و در برخی گیاهان نکروز شدید بودند. ار ان ای این نمونه‌ها با روش CTAB تغییر یافته استخراج شد. به منظور تکثیر بخشی از ژن پوشش پروتئینی، آغازگرهای WSMVF1/R1 با نرم افزار Vector NTI 11 طراحی و در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با نسخه برداری معکوس (RT-PCR) مورد استفاده قرار گرفت. در واکنش RT-PCR قطعه‌ای به طول 430 جفت باز در 12 نمونه گندم و دو نمونه جو، تکثیر شد و پنج نمونه شامل سه نمونه جدا شده از گندم و دو نمونه جدا شده از جو بر اساس منطقه جغرافیایی نمونه برداری شده، تعیین توالی شد. ترادف نوکلئوتیدی قطعه بدست آمده با استفاده از نرم افزار بلاست بیانگر تشابه توالی‌های بدست آمده، با توالی WSMV موجود در بانک ژن بود. مقایسه قطعه مورد نظر با تعدادی از جدایه های WSMV از سایر نقاط دنیا انجام شد. نتایج حاصل میزان مشابهت 99-95 درصدی در سطح نوکلئوتیدی و100-98 درصدی در سطح آمینواسیدی را بین جدایه های ایرانی و میزان مشابهت 96-79 درصدی در سطح نوکلئوتیدی و100-89 درصدی در سطح آمینواسیدی را بین جدایه های ایرانی و جدایه های دنیا نشان داد. به منظور بررسی رابطه فیلوژنتیکی جدایه‌های مورد مطالعه، درخت فیلوژنتیکی توسط نرم افزار MEGA6 ترسیم شد. بررسی‌ها نشان داد که جدایه‌های این ویروس بر اساس ترادف نوکلئوتیدی بخشی از ژن CP، به سه گروه I، II و III تقسیم شدند. جدایه‌های ایرانی در مقایسه با جدایه‌های دنیا در گروه II قرار گرفتند. گروه I مربوط به جدایه‌هایی از آمریکا، ترکیه، کانادا و استرالیا و گروه III شامل جدایه‌هایی از اروپا بود. نزدیکترین جدایه به جدایه‌های ایرانی، مربوط به کشور آمریکا و به شماره دسترسی (AF057533) با میزان شباهت 96 درصد بود و دورترین جدایه مربوط به مکزیک (AF285170) با میزان شباهت 79 درصد بود. تحقیق بیشتر جهت تعیین میزان پراکنش این ویروس در سایر نقاط کشور، شناسایی دیگر میزبان‌های آن، تعیین توالی کامل پوشش پروتئینی و مطالعه بیشتر ساختار ژنوم این ویروس لازم می‌باشد.
کلیدواژه ها