شناسایی in silico میکروآران‌ای (miRNA) با استفاده از غربالگری دیتابیس EST در نماتد Heterodera glycines
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
میکروآران‌ای بالغ (miRNA) توالی‌های کوچک غیر کد شونده 19-24 نوکلوتیدی هستند که از یک پیشساز بزرگ با ساختار ساقه حلقه ناقص مشتق میگردند. با توجه به ماهیت شدیداً محافظت شده میکروآرانها، استفاده از ژنتیک مقایسهای برای پیشبینی این ترکیبات بسیار حایز اهمیت است. توالی‌های موجود در دیتابیس EST یکی از قویترین دادهها برای پیشبینی میکروآران‌ای در موجوداتی هستند که ژنوم کامل آنها در دسترس نمیباشد. با توجه به دسترس بودن دادههای EST قسمت حباب انتهایی نماتد سیست سویا و همچنین اهمیت غدد حباب انتهایی نماتدها در چرخه زندگی و نقش کلیدی مواد و پروتئینهای تولید شده در این غدد در تشکیل سینکیتیوم و بیماریزایی، در این تحقیق پیشبینی میکروآران‌ای بصورت in silico مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور تعداد 11260 توالی مربوط به غدد حباب انتهایی نماتد سیست سویا از پایگاه داده EST با 35000 میکرو آرانای ثبت شده در سایت mirbase (http://www.mirbase.org/ftp.shtml) همردیف سازی گردید. در ادامه، EST هایی که دارای توالی‌های مشابه (حداقل شباهت 18 نوکلئوتید و حداکثر تفاوت سه نوکلئوتید) با میکرو آرانای ثبت شده بودند، انتخاب شدند. در نتیجه EST هایی که دارای شرایط مذکور بودند به 1029 عدد کاهش یافت. در ادامه برای حذف توالی‌هایی که بصورت بالقوه توانایی رمز کردن پروتئین را دارند، blastx انجام شد. بر همین اساس تعداد توالی‌های EST با شرایط گفته شده در قبل، به 102 توالی EST رسید. در مرحله بعد، توالی انتخاب شده از EST که پتانسیل عمل به عنوان میکروآران‌ای را دارد از نظر ساختار (fold) مورد بررسی قرار گرفتند تا توالی میکرو آرانای در یک ساختار ساقه حلقه مناسب قرار گرفته باشد و همچنین از نظر سایر معیارها بشرح زیر بررسی شدند: حد اکثر عدم مطابقت توالی نوکلئوتیدی با بازوی روبه رویی در ساختار ساقه - حلقه 6 عدد باشد، عدم مطابقت توالی نوکلئوتیدی ایجاد شده بین توالی مشابه میکروآران‌ای و بازوی مقابل در هر حلقه بیشتر از 3 عدد نباشد، حداقل انرژی فولدینگ توالی حامل میکروآران‌ای کمتر از منفی30 باشد، شاخص MFEI بالاتر از 85/0 باشد، درصد A+U در ساختار میکروآران‌ای بالغ بین 30-70 درصد باشد. در نتیجه فیلترهای انجام شده تعداد 10 توالی EST ثبت شده در پایگاه داده NCBI (JZ688019, JZ689491, JZ682416, JZ686167, JZ685770, JZ689442, JZ686694, JZ688510, JZ692553, JZ687717) انتخاب گردید. میکروآرانایهای انتخاب شده در این سیستم در طرح آزمایشگاهی در حال ارزیابی عملکرد از نظر تاثیر بر بیان ژنهای هدف خود میباشند.
کلیدواژه ها