تعیین ترادف کامل ژنوم جدایه ایرانی ویروس M سیب‌زمینی
عنوان دوره: بیست و یکمین کنگره گیاه پزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
ویروس M سیب‌زمینی (Potato virus M) از خانواده Betaflexiviridae و جنس Carlavirus است. پیکره‌های ویروس رشته ای و دارای یک قطعه آر.ان.ای تک لای مثبت به اندازه تقریبی 5/8 کیلو باز و شش چهارچوب ژنی است.
بمنظور تعیین ترادف کامل ژنوم جدایه ایرانی ویروس استخراج آر.ان.ای از گیاهان آلوده انجام شد. تکثیر طول کامل ژنوم PVM با دو جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده انجام شد. قطعات بدست آمده پس از هضم آنزیمی توسط اندونوکلئاز XbaI در ناقل pTZ57R الحاق و در سویه DH5α باکتری Escherichia coli همسانه‌سازی شدند. تعیین ترادف ژنوم کامل ویروس PVMبه روش Primer walking با استفاده از آغازگرهای عمومی M13 و یا آغازگرهای اختصاصی طراحی شده انجام شد.
در واکنش RT-PCR قطعاتی به طول 4684 و 4107 جفت باز همانندسازی شد که دارای 268 نوکلئوتید همپوشان بودند. از توالی یابی این قطعات ترادف کامل ژنوم جدایه ایرانی PVM به طول 8523 جفت باز بدست آمد که با رس‌شمار JX678982 در پایگاه NCBI ثبت شد. ژنوم کامل جدایه ایرانی PVM با جدایه‌های موجود در بانک ژن 7/96-1/93 در سطح نوکلئوتیدی شباهت داشت. جدایه ایرانی PVM در آنالیز هر یک از ژنهای یا طول کامل ژنوم ارتباط نزدیکی با جدایه‌های آلمان [EU604672] و روسیه [D14449] داشت. در ژنهای پروتئینهای پلی مراز و پوششی جدایه ایرانی به ترتیب 1/97-95 و 3/99-7/97 درصد با جدایه‌های موجود در بانک ژن شباهت داشتند. در ناحیه بلوک سه ژنی بیشترین شباهت با جدایه آلمان به میزان %4/98 و کمترین شباهت با جدایه لهستان [AY311395] به میزان %1/91 بود. پروتئین یازده کیلو دالتونی جدایه ایرانی نیز %4/99-96 را با جدایه‌های بانک ژن شباهت داشت. در ژنوم جدایه ایرانی PVM بیشترین تغییرات در بلوک سه ژنی بود. این اولین گزارش از تعیین ترادف کامل PVM در ایران است.
بمنظور تعیین ترادف کامل ژنوم جدایه ایرانی ویروس استخراج آر.ان.ای از گیاهان آلوده انجام شد. تکثیر طول کامل ژنوم PVM با دو جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده انجام شد. قطعات بدست آمده پس از هضم آنزیمی توسط اندونوکلئاز XbaI در ناقل pTZ57R الحاق و در سویه DH5α باکتری Escherichia coli همسانه‌سازی شدند. تعیین ترادف ژنوم کامل ویروس PVMبه روش Primer walking با استفاده از آغازگرهای عمومی M13 و یا آغازگرهای اختصاصی طراحی شده انجام شد.
در واکنش RT-PCR قطعاتی به طول 4684 و 4107 جفت باز همانندسازی شد که دارای 268 نوکلئوتید همپوشان بودند. از توالی یابی این قطعات ترادف کامل ژنوم جدایه ایرانی PVM به طول 8523 جفت باز بدست آمد که با رس‌شمار JX678982 در پایگاه NCBI ثبت شد. ژنوم کامل جدایه ایرانی PVM با جدایه‌های موجود در بانک ژن 7/96-1/93 در سطح نوکلئوتیدی شباهت داشت. جدایه ایرانی PVM در آنالیز هر یک از ژنهای یا طول کامل ژنوم ارتباط نزدیکی با جدایه‌های آلمان [EU604672] و روسیه [D14449] داشت. در ژنهای پروتئینهای پلی مراز و پوششی جدایه ایرانی به ترتیب 1/97-95 و 3/99-7/97 درصد با جدایه‌های موجود در بانک ژن شباهت داشتند. در ناحیه بلوک سه ژنی بیشترین شباهت با جدایه آلمان به میزان %4/98 و کمترین شباهت با جدایه لهستان [AY311395] به میزان %1/91 بود. پروتئین یازده کیلو دالتونی جدایه ایرانی نیز %4/99-96 را با جدایه‌های بانک ژن شباهت داشت. در ژنوم جدایه ایرانی PVM بیشترین تغییرات در بلوک سه ژنی بود. این اولین گزارش از تعیین ترادف کامل PVM در ایران است.
کلیدواژه ها